No 2º ciclo é particularmente importante proporcionar aos alunos uma transição tranquila e humanizadora, que suavize a adaptação a um novo ciclo em que se abandona o sistema de monodocência. A equipa docente do Real Colégio de Portugal mantém um sistema educacional exigente, científico e especializado, mas num ambiente dinâmico e motivador para os alunos, que permite a proximidade, a confiança, o diálogo e a relação pessoal numa perspetiva pedagógica.
O Gabinete de Psicologia tem destacada importância nesta altura, e pode ser um elemento essencial a uma intervenção direta e articulada no acompanhamento e orientação em programas de organização e método de estudo e na transição do 3º ciclo para o Secundário.
Adicionalmente, o Projeto de Escola do Real Colégio de Portugal, prevê para os alunos do 2º e 3º ciclo o desenvolvimento e a participação em iniciativas, programas, debates, provas desportivas ou intelectuais, obras sociais ou outros eventos que contribuam para a diversificação do processo educacional dos alunos.
Todas as salas estão equipadas com mobiliário ergonómico e ajustável, infraestrutura informática, internet e quadro interativo. Os alunos do 2 e 3º Ciclo tem ao seu dispor laboratórios amplos e devidamente equipados, para as aulas e atividades das disciplinas científicas.
As instalações e zonas desportivas do colégio estão adequadas à prática das diferentes modalidades e disciplinas lecionadas, garantindo sempre níveis de segurança e de conforto adequado aos alunos de todos os ciclos.
Para além das competências base, o Colégio garante aos seus alunos uma oferta cada vez mais diversificada de atividades extracurriculares Desportivas, Criativas, Musicais e de Línguas.
O Real Colégio de Portugal proporciona aos alunos do 2º e 3º ciclo um programa curricular consistente e diversificado, que inclui a preparação adequada para os exames de 6º e 9º ano do Ministério da Educação.